एन ऑटोमेटेड ट्रेडिंग सिस्टम (एटीएस), एल्गोरिथम ट्रेडिंग का एक सबसेट, ऑर्डर खरीदने और बेचने के लिए कंप्यूटर प्रोग्राम का उपयोग करता है और स्वचालित रूप से एक मार्केट सेंटर या एक्सचेंज को ऑर्डर सबमिट करता है। कंप्यूटर प्रोग्राम स्वचालित रूप से एक ट्रेडिंग रणनीति का उपयोग करके नियमों के पूर्वनिर्धारित सेट के आधार पर आदेश उत्पन्न करेगा जो तकनीकी विश्लेषण, उन्नत सांख्यिकीय और गणितीय संगणना या अन्य इलेक्ट्रॉनिक स्रोतों से इनपुट पर आधारित है।
स्वचालित ट्रेडिंग सिस्टम का उपयोग अक्सर इलेक्ट्रॉनिक संचार नेटवर्क, "डार्क पूल" और स्वचालित एक्सचेंज सहित स्वचालित बाजार केंद्रों में इलेक्ट्रॉनिक ट्रेडिंग के साथ किया जाता है। स्वचालित ट्रेडिंग सिस्टम और इलेक्ट्रॉनिक ट्रेडिंग प्लेटफॉर्म किसी भी मानव समकक्ष से अधिक परिमाण के गति के आदेशों पर दोहराव कार्यों को निष्पादित कर सकते हैं। मानव जोखिम पर भरोसा करने वाले पारंपरिक जोखिम नियंत्रण और सुरक्षा उपाय स्वचालित व्यापार के लिए उपयुक्त नहीं हैं और इसने 2010 के फ्लैश क्रैश जैसे मुद्दों को जन्म दिया है। ट्रेडिंग कंट्रोल या 'सर्किट ब्रेकर' जैसे नए नियंत्रण कुछ इलेक्ट्रॉनिक बाजारों में स्वचालित ट्रेडिंग सिस्टम से निपटने के लिए लगाए गए हैं।
स्वचालित ट्रेडिंग सिस्टम यह निर्धारित करता है कि क्या एक आदेश प्रस्तुत किया जाना चाहिए, उदाहरण के लिए, एक विकल्प के मौजूदा बाजार मूल्य और सैद्धांतिक रूप से कीमतों को खरीदना और बेचना। सैद्धांतिक खरीद और बिक्री की कीमतें अन्य बातों के अलावा, सुरक्षा के मौजूदा बाजार मूल्य के विकल्प से अंतर्निहित हैं। एक लुक-अप तालिका अंतर्निहित सुरक्षा के मौजूदा बाजार मूल्य की दी गई श्रेणी के लिए सैद्धांतिक खरीद और बेचने की एक श्रृंखला को संग्रहीत करती है। तदनुसार, अंतर्निहित सुरक्षा परिवर्तनों की कीमत के रूप में, एक नई सैद्धांतिक कीमत को लुक-अप तालिका में अनुक्रमित किया जा सकता है, जिससे गणना से बचना होगा जो अन्यथा स्वचालित व्यापारिक निर्णय धीमा कर देगा। एक वितरित प्रसंस्करण ऑन-लाइन स्वचालित ट्रेडिंग सिस्टम एक बाजार निर्माता (कोटेदार) और एक संभावित खरीदार या विक्रेता (अनुरोधकर्ता) के बीच बातचीत में प्रत्येक चरण का प्रतिनिधित्व करने के लिए संरचित संदेशों का उपयोग करता है।